Das Ziel des Spiels ist es, ein kleines Dreieck um ein zentrales Sechseck (Hexagon) zu rotieren, um den Kontakt mit herannahenden Mauern zu vermeiden. Berührt man eine solche Mauer, ist der gerade laufende Spielversuch verloren. Ein Timer zählt die ohne jeweilige Dauer eines Versuchs, und die höchste in einem Level erreichte Spieldauer ist der Highscore. Super Hexagon umfasst zu Beginn drei Level mit aufsteigender Schwierigkeit. Schafft man es, mindestens 60 Sekunden in einem Level zu überleben, wird eine schwierigere Fassung des Levels freigeschaltet, die durch das Präfix „Hyper" gekennzeichnet wird. Somit existieren insgesamt sechs Level. Formell endet das Spiel mit dem Erreichen von 60 Sekunden im letzten Level.

Level 1 364:42
Level 2 238:38
Level 3 114:09
Level 4 290:03
Level 5 138:38
Level 6 118:07

Level 1 80.47
Level 2 61.52 sek
Level 3 15.05 sek
Level 4 30.37 sek
Level 5 04.47 sek

Level 1 66.06 sek
Level 2 32.49 sek
Level 3 11.58 sek
Level 4 13.25 sek

Level 1 - 100.44 sec
Level 2 - 89.50 sec
Level 3 - 36.03 sec
Level 4 - 52.44 sec
Level 5 - 21.30 sec

Level 1: 231.15
Level 2: 209.43
Level 3: 94.17
Level 4: 181.50
Level 5: 142.28
Level 6: 76.22

Level 1: 307.08
Level 2: 187.38
Level 3: 103.02
Level 4: 281.58
Level 5: 154.33
Level 6: 70.52

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