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Jedes der drei Ponyvölker war bestrebt, die Vorherrschaft zu erlangen. Dies sollte durch militärische bzw. magische bzw. technologische Überlegenheit vonstatten gehen, womit natürlich Forschungseinrichtungen - die auch Atomkraft und Radioaktivität erforschten - nötig waren.
Somit verfügte jedes der Völker über eine oder mehrere (die Anzahl ist ist nicht von Belang) solcher Einrichtungen, natürlich dachte jedes, dass seine Einrichtungen geheim wären und nur sie von denen der anderen wussten. Dem war aber nicht so; jeder spionierte jeden aus, ohne zu wissen, selbst ausspioniert zu werden.
Etwa zeitgleich schafften es Earth Ponys, Unicorns und Pegasi nukleare Waffen zu entwickeln. Militärisch gesehen waren sie gleichauf, sie befanden sich in einer Art Kaltem Krieg. Nun hing alles von der weiteren Forschung ab.

Schließlich gelang den Unicorns der Durchbruch. Es gelang ihnen, ein Gerät, den Fluxkompensator, zu entwickeln. Diesem war es möglich, durch kontrollierte Radioaktivität und dem damit einhergehenden Zellverfall (der natürlich ebenfalls kontrolliert werden konnte), einem Pony die Fähigkeiten von Pegasi, Earth Ponys und Unicorns (hier in enorm gesteigertem Maße) zu geben - Alicorns.
Man testete dies an der gesamten Crew der Einrichtung, die den Kompensator entwickelte, und ihrer Leiterin aus - es kam zu Problemen, der FK (Fluxkompensator) arbeitete nicht richtig und die Veränderung der Zellen geriet außer Kontrolle - als diese schließlich wiedererlangt wurde, war es schon zu spät. Die Crew waren zu insektenartigen, deformierten Wesen mit einer seltsamen Art Magie geworden - die Changelinge, die Leiterin ebenso. Ohne große Umschweife verbannte man sie, wegen ihres Aussehens, wegen ihrer Andersartigkeit, wegen ihres Hungers an Liebe. Das neue Volk der Changelinge schwor Rache und verschwand in unbekannte Gefilde unter der Führung ihrer neuen Königin, Chrysalis, die ehemalige Leiterin der Crew und Forschungseinrichtung.
Aufgrund ihrer Spionage erfuhren auch die Pegasi und Earth Ponys von diesem Vorfall, sahen darin jedoch, aufgrund des Fehlverhaltens des FK und der Verbannung der Changelinge, keine Gefahr, allerdings intensivierten sie ihre Forschung.
Mit den verbliebenen Daten, die durch Zufall nicht in die Hände der feindlichen Spione gerieten, gelang es den Unicorns jedoch, den FK zu rekonstruieren und seinen kritischen Fehler zu beseitigen. Nun benötigte man wieder Versuchskaninchen - zwei junge Schwestern meldeten sich freiwillig. Na wer wohl?
Die Verwandlung gelang diesmal ohne Probleme, die beiden Schwestern vereinten dank des FK nun die Eigenschaften aller drei Rassen in sich. Man bereitete sich darauf vor, dies auch den anderen Unicorns zukommen zu lassen, um endlich den Sieg erringen zu können.
Dazu kam es allerdings nicht.
Die Spione der Pegasi und Earth Ponys (die den jeweils anderen nicht bekannt waren) meldeten die Vorgänge umgehend ihren Oberhäuptern, die sich zum nuklearen Erstschlag gezwungen sahen.
So kam es zum Atomkrieg.
Die Pegasi griffen die Unicorns an, gleichzeitig die Earth Ponys. Da Letztere aber nicht wussten, dass die Pegasi ebenfalls die Unicorns angriffen, sondern nur Nuklearwaffen losgeschickt hatten, griffen sie unmittelbar nach dem Start der ersten Raketen bzw. Bomben ebenfalls die Pegasi an. Bei den Pegasi war es dasselbe, die Unicorns schlugen zur selben Zeit zurück.
So kam es, dass jeder jeden zeitgleich angriff. Nach den ersten Bombardements war es schon vorrüber: große Teile der Infrastruktur waren zerstört, die Forschungseinrichtungen vernichtet, die Ponys dezimiert, es kam zum atomaren Winter.
Dies griff in wesentlich schwächerer Form auch auf das eigentlich unbeteiligte Crystal Empire über, eben indem er den Crystal Ponys ihr kristallartiges Aussehen gab, was zu der Namensführung des Empires und seiner Ponys führte.
Die beiden neuen Alicorns griffen hier erstmals ein und verhinderten mit ihrer überlegenen Magie weitere Folgen, nahmen ab dann jedoch nicht mehr am
Konflikt der Ponys Teil, zum einen wegen ihres eher friedfertigen Wesens, zum anderen, weil sie erkannten, dass dies keinerlei Sinn hätte. In den Wirren, die mit Einbrechen des nuklearen Winters einbrachen, verschwanden sie jedoch spurlos, ohne ein Wort des Abschieds, ohne Informationen, wohin sie gegangen waren.
So kam es also zu der Situation, wie wir sie in der bekannten Version der Entstehungsgeschichte sehen - die drei Ponyvölker schlossen Frieden und gründeten Equestria.
Friede, Freude, Eierkuchen.
Oder auch nicht.
Vor der Gründung Equestrias hatte Uneinigkeit unter den Ponys geherrscht - Chaos und Disharmonie geradezu. Discord, der Aspekt ebenjenes Chaos, ebenjener Disharmonie, löste dieses vergangene Chaos ab und intervenierte, kaum, dass Equestria gegründet war - er unterwarf mit kaum mehr als Fingerschnippen die Ponys und errang die Herrschaft über das Land, welches er von nun an mit eiserner Faust regierte. Equestria wurde zur tyrannischen Diktatur des Chaos.
Dieser Zustand sollte längere Zeit anhalten, bis zur Rückkehr der Alicorn-Schwestern, die nach einer langen Zeit der Reise im Unbekannten zurückgekehrt waren - mit den Elements of Harmony. Mit diesen stellten sie den Tyrann Discord, besiegten ihn und bannten ihn in Stein. Celestia und Luna nahmen daraufhin Discords alten Platz ein. Sie übernahmen die Herrschaft über Equestrias und führten es in eine Ära des Friedens. Mehr oder weniger jedenfalls.
Und von da an kennt man ja den Rest der Geschichte. Ist halt so.

[Langweiliges Atomgefasel]
So kam es also zu der Situation, wie wir sie in der bekannten Version der Entstehungsgeschichte sehen - die drei Ponyvölker schlossen Frieden und gründeten Equestria.
Friede, Freude, Eierkuchen.
Oder auch nicht.

Vor der Gründung Equestrias hatte Uneinigkeit unter den Ponys geherrscht - Chaos und Disharmonie geradezu. Damit war es vorbei, das Chaos war verschwunden. Das Kräftespiel zwischen Harmonie und Disharmonie hatte somit zugunsten Ersterer ein Ende gefunden. So schien es jedenfalls, denn das Schicksal sieht keinen Ausgang jenes ewig währenden Kampfes da, ist bestrebt, das Gleichgewicht aufrechtzuerhalten - somit musste es erneut das Chaos in die Welt setzen. Dieses Mal nicht in der Form von Konflikt und Zwietracht, sondern in der Form eines Avatars.

Es erschuf Discord, der Aspekt, die Personifizierung ebenjenes Chaos, ebenjener Disharmonie, löste dieses vergangene Chaos ab und intervenierte, kaum, dass Equestria gegründet war - er unterwarf mit kaum mehr als Fingerschnippen die Ponys und errang die Herrschaft über das Land, welches er von nun an mit eiserner Faust regierte. Equestria wurde zur tyrannischen Diktatur des Chaos. Vorläufig.
[Langweiliges Alicorngefasel]