Ich kann mir von den Mane Six generell nur die beiden in einer Beziehung vorstellen, da die anderen nicht erwachsen genug dafür sind.
Twilight ist die Schülerin von Celestia und Bibliothekarin von Ponyville, ein Job, den hauptsächlich Spike macht, sodass Twilight den ganzen Tag in ihre Studien investieren kann. Sie trägt kaum Verantwortung, was ihren Beruf anbelangt und kann quasi jederzeit kommen und gehen, wie sie will.
Pinkie Pie verhält sich ganz ähnlich. Sie hat zwar einen echten Job und keinen Alibi-Job wie Twilight, aber auch hier kann sie kommen und gehen wie sie will und Partys schmeißen wie eine Verrückte.
Rainbow Dash selbst hat denke ich mal keinen Job und wenn doch dann ist der so lasch, dass sie den ganzen Tag lang auf Wolken pennen kann.
Womit Fluttershy ihre Brötchen verdient, weiß keiner.

Zurück zu Rarijack.
Applejack ist, obwohl Granny Smith die Matriarchin ist, der Chef von Sweet Apple Acres und trägt eine große Verantwortung. Sie muss eine ganze Farm am Laufen halten und hat daher auch seltener Zeit für Spaß mit ihren Freundinnen.
Zu einer Farm gehört ein Haufen harter Arbeit und Planung. Dazu bedarf es einem gewissen Reifegrad, um das durchziehen zu können. Nebenbei muss sie auch noch die Ersatzmutter für Apple Bloom spielen.

Bei Rarity sieht die Sache ganz ähnlich aus.
Sie hat ihr eigenes Geschäft und muss zusätzlich noch auf Sweetie Belle aufpassen. Das Modebusiness ist nicht gerade das einfachste und Rarity muss hart arbeiten, um sich und Sweetie Belle zu ernähren.
Ihre Eltern scheinen zwar im Gegensatz zu denen von Applejack noch zu leben, spielen aber scheinbar keine Rolle, weder bei ihr noch bei Sweetie Belle.

Aus diesen Gründen finde ich, dass Applejack und Rarity die einzigen "Erwachsenen" der Mane Six sind und von daher auch nur die beiden als Paar zusammenpassen würden, da sie die Probleme und Herausforderungen der anderen nicht nur verstehen können, sondern sie auch selbst kennen.
Sie sind sich in diesem Punkt sehr ähnlich.

Für Rarity wird natürlich auch der Reiz des Verbotenen mitspielen.
Als "Lady", die sich nur in den höchsten Kreisen sieht, steht Applejack für alles, auf das sie in der High Society verzichten müsste. Dreck, Schweiß, das "einfache" Leben.
Alleine dadurch übt Applejack auf sie bereits einen gewissen Reiz aus. Sie ist quasi die verbotene Frucht in Raritys Augen.

Aus Applejacks Sicht sieht es ganz ähnlich aus.
Als hart arbeitendes Pony, das nur schwere körperliche Arbeit gewohnt ist, kennt sie Dinge wie Luxus, Wellness und teure Kleider nur aus der Ferne. Da ist es ganz normal, dass sie es sich wünscht, auch selbst einmal in diese "fremde" Welt zu schnuppern und hier kommt Rarity ins Spiel. Sie verkörpert all das, worauf Applejack jeden Tag verzichtet, wenn sie ihre Hufe in den Schlamm steckt und nach Bäumen tritt.
Für eine Stute, die alles selbst erledigt, ist es natürlich eine exotische und auch verlockende Vorstellung, einmal so richtig verhätschelt zu werden, einmal ein teures Kleid zu tragen oder einmal in ein schickes Restaurant zu gehen.

Die beiden sind sehr verschieden und doch sind sie zwei Seiten von ein und derselben Münze.
Es ist in meinen Augen falsch, Applejack mit Rainbow Dash zu shippen, nur weil beide Athleten sind, denn das ist keine Beziehungsgrundlage. Es ist vielleicht die Grundlage für ein oder zwei Quickies, aber nicht mehr. Für eine echte Beziehung müssen beide Partner auf derselben Ebene stehen und das tun für mich nur Applejack und Rarity.