Copypaste aus Wikipedia:
Die Handlung baut auf der Annahme auf, dass Zeitreisen in begrenztem Umfang möglich sind. Entsprechend spielen sowohl bestimmte Zeitpunkte als auch die Prinzipien der Kausalität eine wesentliche Rolle. Wissenschaftlern ist es möglich, Informationen und später selbst den Geist eines Menschen in die Vergangenheit zurückzuschicken. Mit jeder Zeitreise verändern sich entsprechend den Prinzipien die Gegenwart und die Zukunft. Diese Entdeckung birgt ein hohes Missbrauchspotenzial, was Aufhänger für die weitere Entwicklung der Geschichte ist. Die Protagonisten werden durch die staatliche Organisation SERN bedroht, die nicht vor Morden zurückschreckt.

Als wesentlicher Schauplatz wurde Akihabara, ein Stadtteil Tokios, gewählt. Verschiedene real existierende Gebäude erscheinen wiederholt im Spiel. Eines davon ist das Radio Kaikan Gebäude, auf dessen Dach die Handlung beginnt. Nach Angaben von Chiyomaru Shikura, der die Entwicklung des Spiels leitete, wurde Akihabara als Handlungsort genommen, da es, historisch bedingt, schon immer ein Ort war, an dem es leicht fällt an ausgefallene Hardware heranzukommen. Somit ist es auch der ideale Ort für Menschen, wie dem Protagonisten des Spiels, die mit Dingen herumspielen und nach Innovationen suchen.

Die Organisation SERN ist eine Anspielung auf die Europäische Organisation für Kernforschung (CERN). Neben den Versuchen mittels Teilchenbeschleuniger wird ihr in der Handlung die Rolle der Antagonisten angedacht. Die fiktive Organisation SERN soll dabei auch mit Zeitreisen und Schwarzen Löchern experimentiert haben, was zahlreichen Menschen das Leben kostete. Die Zeitreise in die Vergangenheit gelang zwar, jedoch überstanden die Opfer die Reise nicht.

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