nsichtlich vieler Details der Hintergrundgeschichte des Doktors gab es im Laufe der Jahrzehnte widersprüchliche Angaben, die auf Unachtsamkeiten der jeweiligen Drehbuchautoren bzw. Produzenten zurückzuführen sind, so auch bezüglich des Alters des Doktors. So gab die zweite Inkarnation des Doktors 1967 (The Tomb of the Cybermen; Folgen 5.01–5.04) sein Alter mit etwa 450 (Erden-)Jahren an. Der vierte Doktor gab sein Alter hingegen 1975 (Pyramids of Mars; Folge[n] 13.09–13.12) bereits mit ca. 750 Jahren an. 1985 (Revelation of the Daleks, dt. Titel: Planet der Toten; Folge[n] 22.12–22.13) gab der sechste Doktor sein Alter hingegen mit 900 Jahren an. Dass des Doktors Alter innerhalb von acht bzw. zehn Jahren um 300 respektive 150 Jahre voranschreitet, ist im Hinblick auf die Kontinuität soweit noch unproblematisch, da der Doktor durch seine Zeitreisen eine beliebige Lebenszeit innerhalb eines fortlaufenden Erdenjahres absolvieren kann. Problematisch ist jedoch der umgekehrte Fall, wenn das Alter des Doktors in einer neueren Folge geringer angegeben wird als in früheren Folgen. Dies ist zwischenzeitlich mehrfach geschehen. 1987 gab der siebte Doktor in seinem ersten Abenteuer (Time and the Rani, dt. Titel: Terror auf Lakertia; Folge[n] 24.01–24.04) sein Alter mit 953 Jahren an, wohingegen der neunte Doktor sein Alter wiederum mit 900 angab. Seitdem wurde sein Alter in der Serie mehrfach genannt und dabei von 900 stets fortgezählt (4.00 Voyage of the Damned 903, 4.17/8 The End of Time 906, 5.05 Flesh and Stone 907). Die (vermeintliche) Diskontinuität wurde seither nicht in der Serie thematisiert, kann aber daher rühren, dass der neunte Doktor in der ersten Staffel zunächst nicht sein Alter mit 900 angab, sondern in 1.04 Aliens of London (dt. Titel Aliens in London) von „900 Jahre[n] in Raum und Zeit“ sprach. Erst als seine Begleiterin Rose Tyler nachfragte: „Wenn es 900 Jahre sind, …“, unterbrach er sie und sagte, dass dies dann bedeute, er sei 900 Jahre alt. Dies könnte er getan haben, um Fragen zu vermeiden, was er davor gemacht habe. Es wurde mehrfach angedeutet, dass der Doktor damals die TARDIS nahm, um vor etwas wegzulaufen. Es wird vermutet, dass bei den Hintergründen dazu auch der Grund dafür liegt, weshalb er seinen Namen streng geheim hält. Somit möchte er auch keine Fragen zu diesem Lebensabschnitt beantworten, könnte daher der Einfachheit halber diesen Irrtum nicht geklärt haben und doch älter sein als angegeben.

In einer späteren Folge 1.09 The Empty Child (dt. Titel Das leere Kind) spricht dieselbe Doktor-Inkarnation dann auch wiederum von 900 Jahren der Zeitreisen in der TARDIS („Nine hundred years of phone box travel“), anstatt von 900 als seinem Alter. Es wäre plausibel, wenn der Doktor jüngst sein Alter als der Doktor angibt, also ab da, wo er als der Doktor durch Raum und Zeit reist und er die Zeit davor nicht mit berücksichtigt. In The Tomb of the Cyberman (5.01–5.10) gibt der (zweite) Doktor sein Alter (erstmals) als 450 Jahre an. In einem der Romane wird dargelegt, dass der (erste) Doktor etwa 60 Jahre vor dem ersten Fernsehabenteuer (1.01 An Unearthly Child) die TARDIS auslieh und von seinem Heimatplaneten Gallifrey zu seinen Reisen durch Raum und Zeit aufbrach. Da er seit seinem ersten Fernsehabenteuer stets menschliche Begleiter hat(te), die sich die Klinke in die Hand gaben, kann der Doktor zwischen seinem ersten Fernsehabenteuer in 1.01 An Unearthly Child und der Altersangabe von 450 Jahren (in The Tomb of the Cyberman [5.01–5.10]) nicht übermenschlich gealtert sein. Somit hat er im Alter von etwa 390 Jahren die Reisen in der TARDIS begonnen. Nach 900 Jahren des Reisens in der TARDIS (wie in 1.09 The Empty Child [dt. Titel Das leere Kind] angegeben), wäre er somit rund 1300 Jahre alt. Eine Zahl, die mit allen bisher angeführten Angaben konform ist.

Eine weitere Erklärung für die vermeintliche Diskontinuität liefert der Produzent der Serie, Steven Moffat. Er äußerte sich zu dieser Problematik dahingehend, dass er angab, der Doktor wisse sein eigenes Alter schlichtweg nicht (mehr). Eine ähnliche Erklärung wurde 2008 bereits im Doktor-Who-Hörspiel Vengeance of Morbius gegeben, in dem der Doktor erklärt, er habe schon vor langer Zeit den Überblick über sein wahres Alter verloren und dass er, wenn er danach gefragt wird, großzügig abrundet und bei seiner Antwort jeweils die je nach Ort im Universum unterschiedliche Länge dessen, was man als „Jahr“ bezeichnet, mit bedenkt. In der Folge 6.01 The Impossible Astronaut erwähnt der Doktor er sei 1103 Jahre alt. Auf die Anmerkung Amy Ponds, letztes Mal sei er noch 908 gewesen, weicht er schnippisch aus, indem er erwidert, sie sei bei ihrem letzten Treffen noch einige Pfund schlanker gewesen. Einige Folgen später in 7.03 A Town Called Mercy behauptet der Doktor, dass er 1200 Jahre alt sei.